一、实行统一监督管理下的资质审批两级管理制度
《环境污染治理设施运营资质许可管理办法》(以下简称《办法》)仍然坚持施行环境污染治理设施运营资质统一监督管理原则。国务院环境保护行政主管部门监督管理资质的审批，制定运营资质分类分级条件，统一现场管理和操作人员岗位培训及考试要求，统一资质证书和岗位培训证书的样式等。但对资质审批权限做较大调整，省级环境保护行政主管部门负责本行政区域内甲级资质的初审，签署初审意见；负责乙级、临时资质的审批。国务院环境保护行政主管部门负责甲级资质的审批。
调整后的资质审批两级管理制度有以下特点:一是坚持了运营资质统一监督管理的原则，实行管理程序、认定条件、运营要求、培训考试要求、证书格式等五个统一；二是提高甲级资质审批标准，引导业态向集约化方向发展，有利于促进运营企业做大做强；三是下放乙级、临时资质审批权限，既明确了省级环保部门的审批权力，同时对其审批及监管责任也进行了明确，做到责任和权力的统一，对运营资质的审批及其监管将起到很好的促进作用，从而推动设施运营服务业的发展。
二、调整了运营资质类别和等级条件
针对当前脱硝设施的大规模建设以及污水处理厂污泥、农业废弃物等有机废物专业化运营的出现，运营资质类别在原来基础上增加了有机废物，并将除尘脱硫改为除尘脱硫脱硝。
运营资质等级也进行了调整，分为甲级、乙级、临时资质。新《办法》对运营资质的等级划分条件仍然主要考虑反映企业运营能力的企业规模、专业技术能力、运营业绩等指标。新《办法》提高了甲级资质的认定条件，比如注册资金、专业人员数量、业绩规模、检测化验能力等。
三、规定了地方乙级、临时资质申请与审批程序
新《办法》基本沿用原《办法》规定的资质申请、审批程序和要求。根据审批权限的调整，新《办法》明确了省级环保部门对乙级资质申请与审批的程序。为全面、集中、准确反映申请单位实际运营能力，新《办法》进一步细化了资质申请表填报内容。同时，将正式资质有效期延长至5年，临时资质有效期延长至两年，以利于企业的发展。
四、进一步明确了对持证单位运营活动的要求
新《办法》新增了“第三章运营管理”，集中规定了对持证单位运营活动的要求，包括:运营合同签订、运营方的责任、设施投入运营应具备的条件、项目备案制度、设施运行要求、设施运行评估、运营活动年度考核等。为了加强对运营服务方的监督，引导其用好管好环保设施，新《办法》强化了对持证单位的年度考核，要求持证单位每年必须对其负责运营的设施及其运行情况进行评估，在此基础上编报设施运营情况年度报告表。
五、加强了对环境污染治理设施运营活动的执法监督
针对原《办法》对持证单位日常运营活动监管不足的情况，新《办法》规定“县级以上环境保护主管部门应当按照属地管理的原则，加强监督管理，对持证单位的运营活动进行监督检查”。新《办法》还进一步明确了监管措施以及对检查人员和被检查单位的要求。
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